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LncRNA Directs Cooperative Epigenetic Regulation Downstream of Chemokine Signals
日期:2017-07-14 標(biāo)簽:Lnc,RNA,BCAR4,GLI2,Phosphorylation,H3K18,acetylation,Locked,Nucleic,Acid
組蛋白乙?;芯堪咐ǘ?/span>
(一)調(diào)控通路:
胞外因子CCL21通過激活RhoC/CIT通路促進(jìn)GLI2的磷酸化進(jìn)入細(xì)胞核,磷酸化的GLI2進(jìn)入細(xì)胞核后與LncBCAR4結(jié)合一起將SNIP1/P300、PNUTS-Pp1結(jié)合到靶標(biāo)基因的啟動子上,誘導(dǎo)啟動子組蛋白乙?;龠M(jìn)靶標(biāo)基因表達(dá)。
(二)實驗流程:
(三)核心FIGURE:
Figure1說明的是CCL21誘導(dǎo)GLI2的磷酸化使其與LncBCAR4結(jié)合,促進(jìn)LncBCAR4與SNIP1、PNUTS結(jié)合從而促進(jìn)靶標(biāo)基因的表達(dá)。
A、 RNA pull-down,用LncBCAR4探針從MDA-MB-231中釣取與之結(jié)合的蛋白,進(jìn)行WB檢測,結(jié)果表明LncBCAR4結(jié)合蛋白GLI2、SNIP1和PNUTS。
B、 使用CCL21等處理細(xì)胞后用WB檢測GLI2的磷酸化情況,表明CCL21能促進(jìn)GLI2的磷酸化。
C、 通過分別敲低CTL和CIT之后檢測經(jīng)CCL21處理的GLI2,結(jié)果表明CCL21不影響GLI2的表達(dá)而是影響其磷酸化水平。
D、 用CCL21處理不同時間后檢測細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核的GLI2磷酸化情況。
Figure2說明的是LncBCAR4將SNIP1和PNUTS結(jié)合到靶標(biāo)基因啟動子上促進(jìn)組蛋白的乙?;?/span>
A、 CHIP,分別用GLI1和p-GLI2抗體釣取DNA片段,表明CCL21處理后靶標(biāo)基因啟動子上結(jié)合的GLI2和p-GLI2上升。
B、 CHIRP,用LncBCAR4探針釣取與之結(jié)合的DNA片段進(jìn)行qPCR檢測,結(jié)果表明經(jīng)CCL21處理后靶標(biāo)基因啟動子上結(jié)合的LncBCAR4增加。
C、 RNA pull-down,用LncBCAR4探針釣取與RNA結(jié)合的蛋白,檢測SNIP1、PNUTS與LncBCAR4結(jié)合的區(qū)域,
D、 EMSA檢測LncRNA與SNIP1、PNUTS的結(jié)合。
E、 RIP,反向驗證SNIP1、PNUTS與LncBCAR4結(jié)合的區(qū)域。
F、 CHIP,靶基因啟動子乙?;慕M蛋白,表明CCL21處理后組蛋白乙?;黾?。
G、 用qRT-PCR檢測LncBCAR4敲低后的靶標(biāo)基因的表達(dá)情況,結(jié)果表明BCAR4敲低后靶標(biāo)基因的表達(dá)量下降。
本公司可提供的技術(shù)服務(wù)項目
本公司可進(jìn)行類似實驗的實驗設(shè)計及整體實驗外包項目,包括RNA pull-down、WB、慢病毒穩(wěn)轉(zhuǎn)株的建立(過表達(dá)/敲低)、CHIP、RIP、q-pcr,其中RNA pull-down、CHIP、RIP為本公司主營項目。
一、RNA pull-down:是檢測RNA結(jié)合蛋白與其靶RNA之間的相互作用,主要研究lncRNA與蛋白的相互作用。
用LncBCAR4探針釣取與RNA結(jié)合的蛋白,然后用目的蛋白抗體對產(chǎn)物進(jìn)行WB檢測,表明LncRNA BCAR4與CIT、GL12、SNIP1以及PNUTS都能特異性的結(jié)合。我公司在實驗體系中同時提供lncRNA正義鏈與反義鏈的pull down。
二、CHIP技術(shù):主要研究蛋白與基因啟動子之間的關(guān)系
例一:
本實驗GLI2和磷酸化的GLI2抗體進(jìn)行CHIP從不同細(xì)胞中獲取與蛋白結(jié)合的DNA片段,然后進(jìn)行Q-PCR驗證,實驗結(jié)果表明經(jīng)CCL21處理后的細(xì)胞靶標(biāo)基因啟動子上結(jié)合的GLI2和p-GLI2上升。
例二:
本實驗用乙?;慕M蛋白抗體釣取與之結(jié)合的DNA片段,然后進(jìn)行Q-PCR檢測目的基因啟動子,結(jié)果表明,經(jīng)CCL21處理后啟動子上的組蛋白乙?;黠@增加。
三、RIP技術(shù):主要研究蛋白與RNA的相互作用
本實驗為了驗證LncRNA與SNIP1結(jié)合位點(diǎn),對LncRNA進(jìn)行相應(yīng)位點(diǎn)的突變后,用Myc標(biāo)簽抗體釣取與帶標(biāo)簽的SNIP1蛋白結(jié)合的RNA,然后進(jìn)行QRT-PCR檢測CHIP產(chǎn)物中的RNA,實驗結(jié)果表明與SNIP1蛋白結(jié)合的LncRNA結(jié)合位點(diǎn)在97-274區(qū)間。
參考文獻(xiàn):Zhen Xing , Aifu Lin , Chunlai Li,et al. LncRNA Directs Cooperative Epigenetic Regulation Downstream of Chemokine Signals[J]. Cell. 2014, 159(5): 1110–1125.