2. RNA seq

2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息？

??轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細胞在某個時間或某個狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和?編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序是基于Illumina測序平臺，研究特定組織或細胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的所有mRNA，是基因功能與結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)，對理解生物體的:發(fā)育和疾病的發(fā)生具有重要作用。

??RNA測序(RNA-seq)在過去十年里逐漸成為全轉(zhuǎn)錄組水平分析表達和研究mRNA差異剪接必不可少的工具，應(yīng)用于如單細胞基因表達、RNA翻譯(translatome)，RNA結(jié)構(gòu)組(structurome)， RNA-RNA/RNA-Protein的相互作用、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(spatialomics)等多種RNA層面的研究(R. Stark, Grzelak, and Hadfield 2019)。

??其中表達水平的探究是轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域最熱門和基礎(chǔ)的方向：利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來識別轉(zhuǎn)錄本和表達定量，從而對造成細胞/組織/個體間不同狀態(tài)的差異的內(nèi)部原因進行診斷分析，挖掘關(guān)鍵基因。

在不同背景下比較mRNA水平：

• 同一物種，不同組織：研究基因在不同組織的表達情況，找到細胞組織特異性的基因；

• 同一物種，同一組織：研究基因在不同處理或條件下的表達變化，挖掘特異的功能基因，指導(dǎo)后續(xù)物種改良、疾病診斷等；

• 同一組織，不同物種：研究基因的進化關(guān)系；

• 時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與其發(fā)育的關(guān)系，找到發(fā)育階段特異性的基因；

RNA-seq能告訴我們一些什么信息？

• 各個基因在不同生物模型的表達情況

• 不同生物模型之間的顯著差異表達基因有些什么

• 這些顯著差異表達基因都能富集到什么生物學(xué)功能上

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• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告訴我們什么信息
  • 1.2. TF-chip與Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高級分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息
  • 2.2. mRNA建庫，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go與kegg的意義與David網(wǎng)站