1. CHIP-seq

??ChIP-Seq技術(shù)是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，利用該技術(shù)可以檢測轉(zhuǎn)錄因子與DNA的動(dòng)態(tài)調(diào)控作用，各種組蛋白修飾，染色質(zhì)調(diào)控因子等，轉(zhuǎn)錄因子與組蛋白修飾的ChIP-Seq示意圖如下：

??ChIP-Seq技術(shù)包括兩部分：建庫和測序，建庫和測序的質(zhì)量對(duì)于后續(xù)分析尤為關(guān)鍵，但是建庫前ChIP實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)也同樣重要。從實(shí)驗(yàn)的操作來講ChIP主要分為兩大類，一類是X-ChIP，一類是N-ChIP。其中N-ChIP不涉及甲醛交聯(lián)，更適合那些和DNA有強(qiáng)相互作用的蛋白ChIP-seq實(shí)驗(yàn)，主要就是組蛋白；而X-ChIP采用甲醛交聯(lián)就沒有這個(gè)限制，廣泛適用于轉(zhuǎn)錄因子, 組蛋白, 聚合酶等蛋白的結(jié)合片段測序。

實(shí)驗(yàn)流程、建庫流程、分析流程：

1. CHIP實(shí)驗(yàn)與建庫流程

2. CHIP分析流程

1.1. Chip-seq可以告訴我們什么信息

chip-seq可以告訴我們一些什么信息？

基礎(chǔ)分析系列：

1. 我們實(shí)驗(yàn)處理后送樣測序的數(shù)據(jù)基本情況（測序下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量情況）

2. 這些測序數(shù)據(jù)都分布在參考基因組的什么位置，以及比對(duì)結(jié)果如何（比對(duì)參考基因組情況）

3. 這些reads的分布有哪些區(qū)域具有顯著成峰(Peak)特征（CallPeak情況）

4. 這些Peak區(qū)域可能影響到的基因是什么，這些Peak距離基因多遠(yuǎn)，又位于什么區(qū)域（Peak附近的臨近基因注釋結(jié)果及可視化情況統(tǒng)計(jì)）

5. 這些基因都普遍具有什么樣的功能（富集到什么通路上，臨近注釋基因集的富集結(jié)果）

6. 這些Peak結(jié)合區(qū)域，都可能結(jié)合到一些什么樣的蛋白（motif預(yù)測情況）

高級(jí)分析系列：

1. 差異Peak分析：可以尋找到兩組不同生物模型比較表觀水平的改變差異

2. Chip-seq與RNA-seq聯(lián)合分析：可以尋找一些表觀水平差異與基因轉(zhuǎn)錄水平改變的關(guān)聯(lián)性

3. 超級(jí)增強(qiáng)子（SEs, Super-enhancers ）鑒定分析：可以找到影響轉(zhuǎn)錄水平異常增加的一系列表觀水平的相互作用區(qū)域

4. 核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（CRC, Core transcription regulatory circuitry ）分析：可以從SEs中通過調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系找到的核心影響轉(zhuǎn)錄因子

1.1.1. chip seq 報(bào)告解讀

我們的Chip-seq分析報(bào)告展示：

分析案例：

• 染色質(zhì)免疫共沉淀測序ChIP-Seq結(jié)題報(bào)告

報(bào)告解讀：

• 染色質(zhì)免疫共沉淀測序ChIP-Seq結(jié)題報(bào)告（解讀）

• CHIP分析qc解讀報(bào)告鏈接

1.1.2. Peak_Motif分析意義(homer)

homer_motif 分析能給到我們什么信息？

• motif的分析解讀

• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告訴我們什么信息
  • 1.2. TF-chip與Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高級(jí)分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告訴我們一些什么信息
  • 2.2. mRNA建庫，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go與kegg的意義與David網(wǎng)站