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3D基因組之Hi-C技術
Hi-C（High-throughput/resolution chromosome conformation capture）技術，以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息學方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系；通過對染色質內全部DNA相互作用模式進行捕獲，獲得高分辨率的染色質三維結構信息。
一、Hi-C技術流程
Hi-C,Hi-C的基本流程是首先將染色質，用交聯(lián)HindIII限制性核酸內切酶將DNA片段切開，形成粘性末端，將帶有dCTP-biotion補齊粘性末端，用T4連接酶連接，純化鏈接產物，用鏈霉親和磁珠捕獲帶有biotion的DNA互作片段，測序比對DNA互作區(qū)域。
二、如何看懂Hi-C結果
如圖所示，Hi-C主要有兩種表現(xiàn)形式，一種是原始的方形圖，一種是比較直觀的三角圖，其實，這兩種圖實際上是同一張圖，先看方形圖，橫縱坐標都代表同一條染色體，對角線上的點像橫縱坐標的投影，因此，對角線也表示染色體。內部馬賽克點分別向橫縱坐標及對角線延伸，延伸得到的焦點，為互作基因在染色體上的位置。馬賽克點的顏色越深，代表基因互作強度越大。
Hi-C得出的數(shù)據(jù)是非常強大的。Hi-C的最小分辨率為5kb，在這個分辨率下，我們可以清楚的觀察到基因的成環(huán)結構。這其中包括基因環(huán)，轉錄環(huán)，結構環(huán)以及增強子-啟動子環(huán)。
當Hi-C分辨率到達10kb時，我們會發(fā)現(xiàn)多個相關連loop組成的拓撲相關結構域（TADs）。且TADs邊界上一般都會有CTCF的富集。
當分辨率到達50kb時，我們可以看到由相關TADs組成的染色質區(qū)域。
當我們繼續(xù)增大分辨率，我們將看到全部染色體的互作情況。
Hi-C數(shù)據(jù)強大我們已經看到，但想精確地模擬3D基因組的結構，還需要與ChIP-seq、RNA-seq、DNase-seq、FAIRE-seq等聯(lián)合分析，才能精確構建3D模型。
