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RNA-RNA pull-down
RNA-RNA pull-down是檢測(cè)RNA與其靶RNA之間相互作用的主要實(shí)驗(yàn)手段之一。RNA-RNA pull-down使用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA探針，然后與胞漿提取液孵育，形成RNA-RNA復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，從而與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過(guò)qRT-PCR實(shí)驗(yàn)檢測(cè)特定的RNA是否與靶標(biāo)RNA相互作用。
在RNA-RNA pull-down實(shí)驗(yàn)過(guò)程中我們?cè)O(shè)置一系列的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)以確保每一步實(shí)驗(yàn)的真實(shí)有效，如探針體外轉(zhuǎn)錄模板擴(kuò)增跑膠、RNA探針跑膠檢測(cè)、產(chǎn)物q-pcr跑膠圖。具體示例如下圖所示：
上圖為RNA探針跑膠圖，確保了探針的質(zhì)量和用量基本一致。
RNA-RNA pull-down產(chǎn)物Qpcr檢測(cè)后，體系內(nèi)的RNA反轉(zhuǎn)錄片段擴(kuò)增物進(jìn)行DNA電泳，檢測(cè)qPCR擴(kuò)增產(chǎn)物是否和設(shè)計(jì)相符，以及檢測(cè)是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗(yàn)。
RNA-RNA pull-down實(shí)驗(yàn)結(jié)果為RNA產(chǎn)物的測(cè)序或q-pcr結(jié)果，下圖為q-pcr結(jié)果示例：
RNA-RNA pull-down產(chǎn)物Qpcr檢測(cè)后，體系內(nèi)的RNA反轉(zhuǎn)錄片段擴(kuò)增物進(jìn)行DNA電泳，檢測(cè)qPCR擴(kuò)增產(chǎn)物是否和設(shè)計(jì)相符，以及檢測(cè)是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗(yàn)。
RNA-RNA pull-down實(shí)驗(yàn)結(jié)果為RNA產(chǎn)物的測(cè)序或q-pcr結(jié)果，下圖為q-pcr結(jié)果示例：
