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RIP RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀技術(shù)
RIP技術(shù)（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀），是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過程的有力工具。RIP這種新興的技術(shù)運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，經(jīng)過分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行分析。
在RIP實(shí)驗(yàn)過程中我們?cè)O(shè)置一系列的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)以確保每一步實(shí)驗(yàn)的真實(shí)有效，如WB檢測(cè)抗體和蛋白的表達(dá)，最后產(chǎn)物qTR-PCR檢測(cè)的跑膠圖。具體示例如下圖所示：
WB檢測(cè)抗體的效果和RNA結(jié)合蛋白的表達(dá)。
RIP-qPCR實(shí)驗(yàn)后，體系內(nèi)的RNA反轉(zhuǎn)錄片段擴(kuò)增物進(jìn)行DNA電泳，檢測(cè)qPCR擴(kuò)增產(chǎn)物是否和設(shè)計(jì)相符，以及檢測(cè)是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗(yàn)。
RIP實(shí)驗(yàn)結(jié)果一般為產(chǎn)物的Q-PCR結(jié)果數(shù)據(jù)或者高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，如圖為RIP產(chǎn)物的Q-PCR結(jié)果示例。
RIP產(chǎn)物的qPCR 檢測(cè)結(jié)果，從結(jié)果可看出EZH2蛋白能與圖示的幾種RNA結(jié)合互作。