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CHIP 染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)
染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（ChIP，Chromatin Immunoprecipitation Assay）通過與染色質(zhì)片段共沉淀和qPCR技術(shù)，在體內(nèi)檢測與特異蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA片段。ChIP技術(shù)最大的優(yōu)點(diǎn)就是在活體細(xì)胞狀態(tài)下研究了蛋白質(zhì)和目的基因結(jié)合狀況，減少了體外實(shí)驗的誤差。在活體細(xì)胞中，先對與調(diào)節(jié)蛋白結(jié)合的染色質(zhì)進(jìn)行分離，然后通過一定的方法（例如：超聲波）隨機(jī)剪切染色質(zhì)，用調(diào)節(jié)蛋白的抗體沉淀目的染色質(zhì)，再通過一定手段把目的染色質(zhì)上的蛋白質(zhì)去除掉，最后用qPCR等方法檢測鑒定共沉淀的DNA片段的特性。
CHIP實(shí)驗過程中我們設(shè)置一系列的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)確保每一步實(shí)驗的真實(shí)有效，如WB檢測抗體和蛋白的表達(dá)，染色體斷裂效果以及最后產(chǎn)物Q-PCR檢測的跑膠圖。具體示例如下圖所示：
WB檢測相應(yīng)抗體效果和轉(zhuǎn)錄因子在細(xì)胞核內(nèi)表達(dá)。
細(xì)胞核抽提物被經(jīng)過超聲波打斷或核酸酶酶解后DNA電泳，表示基因組DNA被打斷成500bp左右的片段，方便后續(xù)的免疫共沉淀實(shí)驗。
ChIP-qPCR實(shí)驗后，體系內(nèi)的DNA片段擴(kuò)增物進(jìn)行DNA電泳，檢測qPCR擴(kuò)增產(chǎn)物是否和設(shè)計相符，以及檢測是否有引物二聚體產(chǎn)生影響實(shí)驗。
CHIP實(shí)驗結(jié)果一般為產(chǎn)物的Q-PCR結(jié)果數(shù)據(jù)或者高通量測序數(shù)據(jù)，如圖為CHIP產(chǎn)物的Q-PCR結(jié)果數(shù)據(jù)。
未處理組（Mock）與處理組（Treat）轉(zhuǎn)錄因子1（TF1）分別與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A區(qū)域、B區(qū)域、C區(qū)域、D區(qū)域、E區(qū)域、F區(qū)域、G區(qū)域、H區(qū)域、I區(qū)域的結(jié)合情況比較。未處理組（Mock）：轉(zhuǎn)錄因子1（TF1）與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A、B、G、H有結(jié)合，但與D、E、I區(qū)域有不明顯的少量結(jié)合，且與C、F組不結(jié)合。處理組（Treat）：轉(zhuǎn)錄因子1(TF1)與目的基因啟動子調(diào)控區(qū)域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結(jié)合，且與A、B、G、H區(qū)域的結(jié)合經(jīng)處理后明顯的大量提升，且原本不結(jié)合的C、F區(qū)域處理后有少量結(jié)合，對D、E、I區(qū)域的結(jié)合情況無明顯改變。