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1.3.4 LncRNA與蛋白R(shí)NP結(jié)合預(yù)測(cè)

長(zhǎng)鏈非編碼RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)控基因表達(dá)中起著重要作用，能夠通過多種機(jī)制，包括遺傳印記、染色質(zhì)重塑、剪切調(diào)控、mRNA降解和翻譯調(diào)控確定lncRNAs的功能，探索lncRNAs的主要工具包括微陣列、RNA測(cè)序（RNA-seq）、Northern blotting、實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（qRT-PCR），熒光原位雜交（FISH）、RNA干擾（RNAi）、RNA-結(jié)合蛋白質(zhì)免疫沉淀（RIP）、通過RNA純化進(jìn)行染色質(zhì)分離（ChIRP）、交聯(lián)免疫沉淀（CLIP）和生物信息學(xué)預(yù)測(cè)等方法，LncRNA可與蛋白互作結(jié)合，調(diào)控基因的表達(dá)、轉(zhuǎn)錄、修飾等生物學(xué)過程

以下是我們對(duì)數(shù)據(jù)的整理，通過數(shù)據(jù)庫(kù)查詢分類、數(shù)據(jù)庫(kù)功能及用途、示例結(jié)合分析、數(shù)據(jù)庫(kù)優(yōu)化等這四大項(xiàng)，進(jìn)行闡述和演示數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢和使用，希望對(duì)您的實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目有所幫助

數(shù)據(jù)庫(kù)查詢分類

RPISeq ：http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/

數(shù)據(jù)庫(kù)功能及用途：

RPISeq

數(shù)據(jù)庫(kù)功能：

Submit a protein sequence and an RNA sequence to predict the interaction probability.

實(shí)例分析：以蛋白AGO2和LncRNA H19為例

Interaction probabilities

Prediction using RF classifier      0.55

Prediction using SVM classifier     0.54

兩者數(shù)值均>0.5,表示預(yù)測(cè)會(huì)相互結(jié)合

數(shù)據(jù)庫(kù)優(yōu)化：

該網(wǎng)站可預(yù)測(cè)已知的蛋白和已知的RNA序列，通過RF值和SVM值，來評(píng)估RNA與蛋白的結(jié)合概率

• 1 . 生物信息學(xué)概述
• 2 . 生物信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)
• 3 . 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)
• 4 . miRNA與mRNA結(jié)合預(yù)測(cè)
• 5 . LncRNA與miRNA結(jié)合預(yù)測(cè)
• 6 . LncRNA與蛋白R(shí)NP結(jié)合預(yù)測(cè)