廣州市黃埔區(qū)學(xué)大道攬?jiān)侣窂V州企業(yè)孵化器B座402
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1.3.1 轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)
轉(zhuǎn)錄因子是通過(guò)結(jié)合特異性DNA序列控制遺傳信息從DNA到信使RNA的轉(zhuǎn)錄速率的蛋白，轉(zhuǎn)錄一男子可通過(guò)修飾（甲基化、去甲基化、乙?；?、去乙?；刃揎棧┡c啟動(dòng)子進(jìn)行互作結(jié)合調(diào)控，產(chǎn)生促進(jìn)或是抑制的效果。
我們介紹幾種數(shù)據(jù)庫(kù)信息，通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)查詢整理、數(shù)據(jù)庫(kù)功能及用途、示例結(jié)合分析、數(shù)據(jù)庫(kù)優(yōu)化等這四大項(xiàng)，進(jìn)行闡述和演示數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢和使用，希望對(duì)您的實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目有所幫助
1. 數(shù)據(jù)庫(kù)查詢整理
①JASPAR: http://jaspar.genereg.net/
②PROMO: http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
③GeneCards：http://www.genecards.org/Guide/Search
④Genomatix：http://www.genomatix.de/
⑤Neural Network Promoter Prediction：http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html
2. 數(shù)據(jù)庫(kù)功能及用途介紹：
①JASPAR：
The high-quality transcription factor binding profile database
數(shù)據(jù)庫(kù)功能：
The JASPAR CORE database contains a curated, non-redundant set of profiles, derived from published collections of experimentally defined transcription factor binding sites for eukaryotes. The prime difference to similar resources (TRANSFAC, etc) consist of the open data acess, non-redundancy and quality.
②PROMO：
A virtual laboratory for the study of transcription factor binding sites in DNA
數(shù)據(jù)庫(kù)功能：
Search for putative sites in your sequence
3. 示例結(jié)合分析：
3.1 JASPAR：以H19啟動(dòng)子和SP1轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)信息為例
1. 打開主頁(yè)面
2.點(diǎn)擊選擇研究的種屬
3.輸入對(duì)話框，查詢轉(zhuǎn)錄因子信息
4. 輸入H19的啟動(dòng)子信息，點(diǎn)擊SCAN，即可獲取
數(shù)據(jù)庫(kù)優(yōu)化：該款軟件，可預(yù)測(cè)已經(jīng)的啟動(dòng)子序列和已知的轉(zhuǎn)錄因子，查詢預(yù)測(cè)結(jié)合的序列信息，對(duì)于未知的轉(zhuǎn)錄因子，無(wú)法預(yù)測(cè)
3.2 PROMO：
以H19啟動(dòng)子和SP1轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)信息為例
1. 打開主頁(yè)面
2.點(diǎn)擊select species選擇研究的種屬
3.點(diǎn)擊select sfactors，選擇轉(zhuǎn)錄因子
4. 輸入H19的啟動(dòng)子信息，點(diǎn)擊view即可獲取轉(zhuǎn)錄因子與啟動(dòng)子的結(jié)合序列信息
數(shù)據(jù)庫(kù)優(yōu)化：該款軟件，可預(yù)測(cè)已經(jīng)的啟動(dòng)子序列和已知的轉(zhuǎn)錄因子，查詢預(yù)測(cè)結(jié)合的序列信息，對(duì)于未知的轉(zhuǎn)錄因子，無(wú)法預(yù)測(cè)