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lncRNA的研究展望

相對(duì)于蛋白編碼序列以及小分子RNA來(lái)說(shuō),lncRNA的研究還僅僅處于起步階段。隨著對(duì)lncRNA在哺乳動(dòng)物進(jìn)化及疾病發(fā)生發(fā)展中作用的關(guān)注,lncRNA的機(jī)制已成為現(xiàn)代遺傳學(xué)研究的熱點(diǎn)問(wèn)題。然而,迄今為止,人們對(duì)于哺乳動(dòng)物細(xì)胞內(nèi)lncRNA調(diào)控機(jī)制的認(rèn)識(shí)仍存在許多障礙,包括它們的數(shù)量比例及它們的作用機(jī)制。因此,提高對(duì)lncRNA等非編碼轉(zhuǎn)錄本的關(guān)注,對(duì)真核細(xì)胞基因編程中進(jìn)化更新和功能性RNA家族的擴(kuò)大是很重要的。比如,最初認(rèn)為lncRNA的作用途徑是獨(dú)立的,且有明顯區(qū)別。但近年研究報(bào)道這些作用途徑的界限已開(kāi)始模糊,其中有些lncRNA之間存在交互作用,并構(gòu)成一基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。如果大部分非編碼RNA被證明是有功能的,那么它們的特性將對(duì)我們認(rèn)識(shí)復(fù)雜有機(jī)體的基因編程有很大影響,也會(huì)帶給我們關(guān)于進(jìn)化、發(fā)育和疾病等老問(wèn)題的新的答案。

 

當(dāng)前,lncRNA研究正處于起步階段,因此面臨著許多亟待解決的問(wèn)題:

1lncRNA的定義仍存在爭(zhēng)議。一般認(rèn)為,lncRNA是長(zhǎng)度大于200個(gè)核苷酸的非編碼RNA。但是,Spizzo等認(rèn)為,以200個(gè)核苷酸作為界定lncRNA過(guò)于武斷,因?yàn)樾∮?/span>200個(gè)核苷酸的非編碼RNA中還存在很多非編碼RNA,它們既不屬于小RNASmall RNA)也不屬于結(jié)構(gòu)RNAStructural RNA)。

2lncRNA生物學(xué)功能的闡明并非易事。一方面,如何區(qū)分功能性和非功能性非編碼轉(zhuǎn)錄物依然存在困難;另一方面,由于lncRNA種類和功能的多樣性,致使不同的lncRNA研究結(jié)果之間的借鑒意義并不高。

3)尚無(wú)統(tǒng)一的命名原則。目前lncRNA還沒(méi)有一個(gè)規(guī)范的命名方法,只是研究者根據(jù)其功能、結(jié)構(gòu)特點(diǎn)、作用方式等進(jìn)行命名,有時(shí)很難從名稱中了解其真正含義和功能。

4lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)不夠全。相對(duì)于其他非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù),lncRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容還不夠全,對(duì)lncRNA的注釋遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠豐富。

5lncRNA功能預(yù)測(cè)的工具不多。針對(duì)lncRNA的生物信息學(xué)工具仍然極少,例如,目前難以對(duì)lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)和靶標(biāo)等進(jìn)行有效地預(yù)測(cè)。

6)研究領(lǐng)域有待拓展。目前,有關(guān)lncRNA的研究主要集中于腫瘤、神經(jīng)、發(fā)育、植物等領(lǐng)域,在其他領(lǐng)域和對(duì)其他疾病的研究依然欠缺。

7)用于lncRNA研究的新技術(shù)并不多。因此,需要建立更多、更有效的研究方法用于系統(tǒng)地研究lncRNA的結(jié)構(gòu)和功能。

 

隨著越來(lái)越多的研究者關(guān)注并且投身到lncRNA研究領(lǐng)域中,我們對(duì)lncRNA的認(rèn)識(shí)也正越來(lái)越深入。lncRNA不僅在生物體中以多種機(jī)制發(fā)揮其生物學(xué)功能,而且其功能失調(diào)與多種疾病的發(fā)生和發(fā)展有關(guān)。目前研究也發(fā)現(xiàn),lncRNA與腫瘤發(fā)生、發(fā)展的關(guān)系非常密切。  然而,由于lncRNA作用機(jī)制的多樣和復(fù)雜,目前對(duì)lncRNA功能的認(rèn)識(shí)仍然只是冰山一角。來(lái)自DNA元件百科全書(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)的數(shù)據(jù)表明,迄今為止,該項(xiàng)目所收錄的9640多個(gè)人類lncRNA基因位點(diǎn)中,只有約100個(gè)得到了功能研究。為了闡明lncRNA精細(xì)的分子機(jī)制,需要更先進(jìn)的高分辨率體內(nèi)成像技術(shù)和高靈敏度檢測(cè)技術(shù)。例如,Paige等開(kāi)發(fā)出一種稱為“Spinach”的RNA-熒光基團(tuán)復(fù)合物便可用于動(dòng)態(tài)追蹤活細(xì)胞內(nèi)的RNAMercer等也于最近開(kāi)發(fā)了一種稱為“RNA CaptureSeq”的靶向RNA測(cè)序技術(shù),具有極高的靈敏度,可以檢測(cè)到常規(guī)測(cè)序方法無(wú)法檢測(cè)到的微量RNA和瞬時(shí)表達(dá)的RNA。他們利用該技術(shù)檢測(cè)到了163種新的lncRNA。我們相信,隨著技術(shù)的進(jìn)步,將有更多的新技術(shù)運(yùn)用于lncRNA的功能研究中,這必將有助于我們進(jìn)一步解析lncRNA的功能及其分子調(diào)控機(jī)制,以及它們?cè)诩膊“l(fā)生、發(fā)展中的病理機(jī)制。


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