廣州市黃埔區(qū)學(xué)大道攬?jiān)侣窂V州企業(yè)孵化器B座402
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項(xiàng)目名稱：circRNA建庫(kù)與分析流程
所屬分類：生物信息學(xué)分析
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技術(shù)服務(wù)描述
文庫(kù)構(gòu)建
樣品質(zhì)檢合格后，Input樣品，使用去核糖體轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)，IP樣品，核糖體含量低，采用全轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)。
文庫(kù)構(gòu)建完成后，隨后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 對(duì)文 庫(kù)大小范圍進(jìn)行檢測(cè)，插入的目的片段大小符合預(yù)期后，使用 Q-PCR 方法對(duì)文庫(kù)的有效濃度進(jìn)行準(zhǔn)確定量（文庫(kù)有效濃度 ＞3nM），以保證文庫(kù)質(zhì)量
庫(kù)檢合格后，將不同文庫(kù)按照有效濃度及目標(biāo)下機(jī)數(shù)據(jù)量的需求 pooling，采用 Nova PE150 模式進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序數(shù)據(jù)量 6G。
分析流程
circRNA的分析，我們采用最新circRNA分析軟件CIRIquant。 首先對(duì)Raw reads進(jìn)行過(guò)濾，去除接頭序列、含N較多的序列及低質(zhì)量的reads，獲得高質(zhì)量 數(shù)據(jù)（Clean reads）。然后通過(guò)與核糖體數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，去除核糖體RNA 序列，獲得effective reads，一方面，將effective reads 通過(guò)hisat2與參考基因組進(jìn)行比對(duì)（mapping）通過(guò)string將mapping的reads組裝成mRNA，產(chǎn)生mRNA表達(dá)矩陣。另一方面，effective reads 通過(guò)CIRI2預(yù)測(cè)circRNA的反向剪切位點(diǎn)（Back-splicing junction)，得到預(yù)測(cè)的circRNA,再將預(yù)測(cè)的circRNA重新匹配回反向剪切位點(diǎn)的reads,得到circRNA的表達(dá)矩陣，于此同時(shí)，兩個(gè)方面聯(lián)合分析可得到circRNA的剪切比率。
