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項(xiàng)目名稱：Chip-seq分析流程
所屬分類：生物信息學(xué)分析
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技術(shù)服務(wù)描述
Chip-seq分析流程
流程的一些關(guān)鍵點(diǎn)分析：
我們的Peak是如何找出來的？Callpeak的流程（MACS2)
1. 質(zhì)控 (quality control)
首先要看一下ChIP-seq數(shù)據(jù)的質(zhì)量，數(shù)據(jù)的信號最好比background要強(qiáng)很很多。一般要有control，這樣call peaks更準(zhǔn)確可信， control主要有Input DNA 和 IgG兩種，前一種更常用。
檢測質(zhì)量的一些方式：
1). peaks中reads的數(shù)量，如果peaks的reads普遍較少，則質(zhì)量一般。
2). peaks信號高，背景低。
3). 測序深度深 。
4). Diverse library (與重復(fù)duplications有關(guān)，如下圖)
5). 有重復(fù)并且與重復(fù)之間相似性較高…
……
2. 序列比對 (mapping of fastq)
序列比對一般用BWA或者Bowtie2，兩者效果差不多。我們一般采用Bowtie2，對reads進(jìn)行基因組進(jìn)行回帖。
3. 去除重復(fù) (remove duplicates)
由于PCR實(shí)驗(yàn)存在不可避免的實(shí)驗(yàn)誤差，所以會存在重復(fù) (duplicates)。我們一般在Chip-seq中會進(jìn)行去除。
理論上來講，不同的序列在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時，擴(kuò)增的倍數(shù)應(yīng)該是相同的。但是由于聚合酶的偏好性，PCR擴(kuò)增次數(shù)過多的情況下，會導(dǎo)致一些序列持續(xù)擴(kuò)增，而另一些序列擴(kuò)增到一定程度后便不再進(jìn)行，也就是我們常說的PCR偏好性。
這種情況對于定量分析（如ChIP-seq），會造成嚴(yán)重的影響。此外，PCR擴(kuò)增循環(huán)數(shù)過多，會出現(xiàn)一些擴(kuò)增偏差，進(jìn)而影響后續(xù)分析結(jié)果的置信度。
4. peak calling
peaks是reads信號比較強(qiáng)的區(qū)域，也就是我們找到的轉(zhuǎn)錄因子或者組蛋白修飾最有可能結(jié)合的地方。call peaks仍然有不少軟件，比較常用的是MACS2和Hotspot2。
5. 下游分析 (downstream analysis)
分析完之后下游可以做的事情很多，視情況而定。 可分析Peak的臨近注釋基因，分布類型情況，及功能注釋情況； 或者Homer等工具注釋peaks，看不同轉(zhuǎn)錄因子/組蛋白修飾之間的關(guān)系，或者分析TF的target gene。 或者同時分析RNA-seq、ATAC-seq等數(shù)據(jù)，看轉(zhuǎn)錄因子與染色質(zhì)開放區(qū)的關(guān)系；