廣州市黃埔區(qū)學(xué)大道攬?jiān)侣窂V州企業(yè)孵化器B座402
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項(xiàng)目名稱：在線富集分析系統(tǒng)簡(jiǎn)介
所屬分類：生物信息學(xué)分析
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技術(shù)服務(wù)描述
1. 背景簡(jiǎn)介
對(duì)于轉(zhuǎn)錄組分析而言，往往涉及到成千上萬個(gè)基因，這會(huì)使分析變得很復(fù)雜。解決思路是將一個(gè)基因列表分成多個(gè)部分，從而減少分析的復(fù)雜度。為了解決怎么分成不同類，通常會(huì)對(duì)基因功能進(jìn)行富集分析, 期望發(fā)現(xiàn)在生物學(xué)過程中起關(guān)鍵作用的生物通路, 從而揭示和理解生物學(xué)過程的基本分子機(jī)制。功能富集分析可以將成百上千個(gè)基因、蛋白或者其他分子分到不同的通路中，以減少分析的復(fù)雜度。
在實(shí)際研究中，如對(duì)照組與實(shí)驗(yàn)組的差異變化顯著性，重復(fù)性好壞等因素，部分關(guān)鍵性基因并不一定能達(dá)到閾值篩選標(biāo)準(zhǔn)出現(xiàn)在基因篩選列表中。 這時(shí)，需要根據(jù)研究的生物學(xué)意義，適當(dāng)調(diào)低篩選基因的標(biāo)準(zhǔn)，結(jié)合基因表達(dá)的具體情況，重新篩選一批基因，這樣的操作可能讓后續(xù)富集結(jié)果發(fā)生顯著改變。
為了更加方便各位學(xué)者的研究。基于此，已有多個(gè)團(tuán)隊(duì)開發(fā)過網(wǎng)頁(yè)在線富集系統(tǒng)，如 David, KOBAS 3.0, 本篇文章將介紹 KOBAS 3.0 的使用。
富集分析效果對(duì)比如下圖展示，左邊為 “KOBAS 3.0”在線富集分析 的結(jié)果, 右邊為 “使用R包c(diǎn)lusterProfiler(v3.12.0)及注釋庫(kù)org.Hs.eg.db(v3.8.2)” 進(jìn)行富集分析的結(jié)果, 為方便對(duì)比將兩者通路中的富集基因數(shù)進(jìn)行排序。
2. KOBAS 3.0 的使用
KOBAS 3.0 主頁(yè)：http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/
該工具是出自北京大學(xué)魏麗萍教授團(tuán)隊(duì)，相比DAVID，它更新速度快，并且提供免費(fèi)的KEGG富集。
2.1. 簡(jiǎn)易上手
打開主頁(yè): http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/ ，或主頁(yè)點(diǎn)擊如下：
在彈出的新頁(yè)面中，選擇對(duì)應(yīng)的Species、Input type，輸入geneID，選擇富集的數(shù)據(jù)庫(kù)Database，點(diǎn)擊run即可進(jìn)行富集分析，界面如下：
2.2. 網(wǎng)站首頁(yè)功能介紹
網(wǎng)站首頁(yè)功能介紹如下:
2.3. 基因注釋功能
在Anno界面輸入基因List，點(diǎn)擊run
結(jié)果如下：
點(diǎn)擊Pathway的details，結(jié)果如下：
點(diǎn)擊Disease的details,結(jié)果如下：
點(diǎn)擊GO的details，結(jié)果如下：
