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3D基因組之ChIP-seq
基因組的三維立體結(jié)構(gòu)的主要組成是DNA和蛋白質(zhì)。研究基因組的三維立體結(jié)構(gòu)就是研究DNA與蛋白之間的互作。ChIP一直是研究蛋白與DNA互作的重要方法。他可以顯示眾多調(diào)節(jié)蛋白在基因組上的分布。下表是生物體內(nèi)常見的幾種DNA調(diào)節(jié)蛋白。
Histone是核小體的基本組成蛋白，核小體是染色質(zhì)的基本組成單位。組蛋白的修飾（如：甲基化，乙?；?，磷酸化等）使核小體在DNA上發(fā)生移動，改變核小體的位置。這使得特定的組蛋白修飾代表特定的生物學(xué)特征。例如H3K27ac代表激活型啟動子區(qū)域，H3K27me3代表抑制型啟動子區(qū)域，等等。
除了組蛋白外，還有一類重要的調(diào)控元件-轉(zhuǎn)錄因子來調(diào)節(jié)染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，然而，轉(zhuǎn)錄因子要與RNA聚合酶II互作，才可以調(diào)控基因表達(dá)。
CTCF是一類重要的絕緣子蛋白，與RAD21蛋白形成穩(wěn)定的3維立體結(jié)構(gòu)區(qū)域，維持染色質(zhì)的正常形態(tài)。
另外，您需要根據(jù)目的基因的表達(dá)情況選擇相應(yīng)的ChIP組合方式。
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析
ChIP-seq的數(shù)據(jù)呈現(xiàn)形式是多種多樣的。但主要以3種形式出現(xiàn)在文章中。
1.最常見的peak圖
2.研究轉(zhuǎn)錄起始位點的TSS距離分布圖，可以清楚的觀察到TSS位點處，多種蛋白的分布情況。
3.比較直觀的熱圖，可以清楚的看出同一DNA區(qū)域，不同蛋白的分布情況，以及同一蛋白在不同DNA區(qū)域的分布情況。
