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廣州賽誠生物科技有限公司
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產(chǎn)品名稱:基因全序列拼接分析

品牌名稱:廣州賽誠生物科技有限公司

所屬分類:基因全序列拼接分析

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  • 產(chǎn)品描述
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  • 全基因組序列拼接是生物信息學(xué)研究領(lǐng)域的核心問題。新一代測(cè)序技術(shù)正在引領(lǐng)生命科學(xué)研究進(jìn)入一個(gè)嶄新階段。人類基因組計(jì)劃完成之后,獲得個(gè)體基因組的全部序列對(duì)于生物學(xué)研究、探索與認(rèn)識(shí)生命的本質(zhì)具有十分重要的科學(xué)意義。

    針對(duì)新一代測(cè)序數(shù)據(jù)reads長度較短、數(shù)據(jù)海量的特點(diǎn),全基因組測(cè)序方面的數(shù)據(jù)分析軟件的研發(fā),已成為生物信息學(xué)領(lǐng)域最迫切、最重要的研究課題。雖然目前已開發(fā)有一些全基因組拼接軟件,但是基本都局限在大型計(jì)算平臺(tái)上完成數(shù)據(jù)分析過程,難以滿足一般的研究需求,而且數(shù)據(jù)處理速度仍然遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于數(shù)據(jù)產(chǎn)生速度,已經(jīng)成為整個(gè)基因組圖譜繪制工作的瓶頸,并且其拼接結(jié)果在準(zhǔn)確性方面還有待提高。

    基因組序列拼接的核心思想是利用序列之間的交疊關(guān)系,通過類似于“搭積木”的方式重建目標(biāo)基因組序列。其基本方法是將序列之間的交疊關(guān)系轉(zhuǎn)換成計(jì)算機(jī)可以識(shí)別的結(jié)構(gòu),通過不斷迭代擴(kuò)展的方式延長目標(biāo)序列,然后利用配對(duì)數(shù)據(jù),確定各個(gè)目標(biāo)序列的相對(duì)方向和位置關(guān)系,最終還原目標(biāo)基因組序列。 基于新一代測(cè)序數(shù)據(jù)的基因組序列拼接,通常分為如下三個(gè)階段:(1)數(shù)據(jù)的預(yù)處理階段。該階段通過特定的方法,移除測(cè)序數(shù)據(jù)中的錯(cuò)誤堿基;(2)基因組連續(xù)片段(contigs)生成階段。該階段將reads拼接成contigs;(3)超長序列片段(scaffoldings)組裝階段。該階段使用配對(duì)數(shù)據(jù),確定contigs之間的方向和位置關(guān)系,生成scaffoldings。


  •        廣州賽誠生物科技有限公司是一家集生物研發(fā)、技術(shù)服務(wù)和貿(mào)易為一體的生物、醫(yī)藥服務(wù)企業(yè),專業(yè)從事于為生命科學(xué)、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)提供實(shí)驗(yàn)試劑耗材、相關(guān)實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)處理及figure制作服務(wù)。

                生命科學(xué)論文撰寫中figure制作是一個(gè)跨多學(xué)科的綜合工程,涉及生物統(tǒng)計(jì)學(xué)、生物信息學(xué)、圖像分析、平面設(shè)計(jì)等多個(gè)領(lǐng)域,一般的非專業(yè)研究人員很難對(duì)所有的領(lǐng)域都精通。

                我們經(jīng)過多年的積累,在生命科學(xué)熱門學(xué)科方向中,建立出多個(gè)成熟的figure制作模型,能專業(yè)、快捷、高效的處理各種實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),再根據(jù)客戶要求將其用精美的sub. fig.展現(xiàn),并將各個(gè)sub. fig.組裝成能完整闡述客戶邏輯思路的figure,完成客戶論文的核心元件。